工业上一般壳聚糖在利用生物酶法降解后，直接进行喷雾干燥，得到的壳寡糖产品分子量分布普遍较宽，其中含有一些未充分降解的壳聚糖大分子、壳聚糖降解酶类、无机盐、酸根离子及单糖、二糖等生物活性较低的糖，还有原料壳聚糖中带有的一些杂质组分等，这些成分会影响壳寡糖的纯度，进而影响壳寡糖的使用价值。为了得到壳三糖-壳六糖含量较高的壳寡糖产品，必须选择合适的分离纯化手段对酶解液进行纯化。由于壳寡糖分子中含有较多的氨基和羟基，其分子间或分子内作用较强，分离纯化相对较困难。目前，壳寡糖的分离纯化方法主要有：膜分离法、凝胶渗透色谱法、薄层色谱法和离子交换色谱法等。
酚类物质是植物体内重要的次生代谢物质，具有抗病的作用。分类物质在未被氧化的状态下，可以抑制病菌孢子的产生和萌发，抑制菌丝生长，抑制病菌酶活的提高。般类物质氧化后可以产生醌类物质，其抑制病原物的能力更强。尚庆茂等研究发现壳聚糖处理可显著提高黄瓜幼苗植株内总酌和类黄酮含量。和是许多植物屮的一种与病程密切相关的蛋白。两种酶是植物利用系统抗病性来保护自身的标志性酶，其活性的提高体现了植物抗逆性的增强。于汉寿等在研究水溶性壳聚糖处理对油菜的影响中发现：壳寡糖可诱导了和活性的升高。胡健等的研究也发现壳寡糖可以提高水稻活性。
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